Ci sono diversi tipi di problematiche che interessano l'isola di Campalto.

Alcune comuni ad altri luoghi di laguna, come l'accumularsi di sporcizia e rifiuti trasportati dall'acqua e gettati dalle mareggiate, soprattutto i galleggianti (plastiche, legno (ma se non trattato è utile per il falò)), oppure il frequente abbandono di ingombranti e il vandalismo, che da anni distrugge e danneggia, per mano di persone ignote e poco intelligenti, le strutture che vengono realizzate come punti di sosta o riparo.

Altri problemi sono considerati la multiproprietà dell'isola: l'area centrale fa capo al Comune di Venezia, mentre la circonferenza è di proprietà dell'Agenzia del Demanio (organo statale - Demanio Marittimo), che ha affidato i lavori di conterminazione e rimodellazione completati nel 1998 al Magistrato alle Acque di Venezia. Questa divisione di referenti da anni rende difficile la comunicazione cittadini-amministratori quando si parla di possibilità e progetti futuri che riguardino l'area complessiva.